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GeneXpress 02A
Chromatin02
| Question | Answer |
|---|---|
| Wie liegt DNA von Prokaryoten vor | Als zirkuläre, negativ "supercoiled" als Bakteriochromosom vor |
| Wie viele Domäne enthalten Bak. Chromosomen | in ca. 50 -100 Loops gefaltet |
| wodurch werden die Lups gehalten | Durch RNA |
| wesentliche Aufgaben von DNA | 1.Replikation(Erhalt genetische Info) 2.Genexpression (Info auf Proteine übertragen) 3.Mutation->Variabilität->Selektion-> Optimierung 3. |
| Wie ist eukaryontische Genom organisiert | Durch Chromosomen |
| Aufgaben des Chromatins | 1.Verpakung der DNA 2.Schutz der DNA 3.Regulation der Genexpression |
| Was ist Euchromatin (Ort) | Euchromatin ist im Gegensatz zum Heterochromatin der transkriptionsaktive, Gen-reiche Anteil des Chromatins, der nach der Kondensation der Interphase des Zellyklus wieder entspiralisiert wird. Eher im Inneren des Kerns. Histone sind meist acytyliert |
| Was ist Heterochromatin | hochspiralisierten und Gen-armen Anteile des Nukleinsäurestranges, weist in allen Phasen des Zellzyklus den gleichen, hohen Kondensationsgrad auf; es bildet die Centromeren und die Barr-Körperchen. Ehe Außen des Kernbereiches,stark kondensiert |
| Aufbau von Nukleosom | Hat 2 Symmetrieachsen, aus Histonen je 2x H2A,H2B, H3 und H4, Kucleosomen bestehen also aus DNA und Chromatin |
| Was sind Tetramer und Heterodimer | 2x H3 + 2x H4 sind Tetramer und 2x H2A und 2x H2B sind Heterodimer |
| Wie oft windet sich die DNA um Nucleosom und wie viele bp | DNA wendet sich 2x und sind ca. 146bp |
| Welche Aminosäuren enthalten die Histone | Basische Aminosäure, viele Arginin und Lysin, die genau an der Schnittstelle zu DNA liegen |
| Was sind Histone-Schwänze | sind N-terminale Bereiche,werden Modifiziert:phosphoryliert, acetyliert, Ubiquitiniert oder methyliert |
| Aufgabe von Histon H1 | das Histon H1 verbindet die Nucleosome miteinander,Kondensation des Nucleosoms-> bilden loops |
| Wo binden sich Nucleosome | An eben gebogenen AT-reichen Bereich der DNA |
| Was passiert wenn H1 dephsphoryliert wird | Führt zu Kondensation der Nucleosomen, Transkriptionsrate wird gesenkt( silencing) |
| Was passiert wenn Lys-Reste in den H3 und H4 acetyliert werden | Die Acetylierung von Lys-Resten in den Histonen H3 und H4 aktiviert die Transkription, Auflockerung der DNA |
| wie werden Histone acetyliert | Lysinreste in H3 und H4 werden acetyliert (Übertragung von Acetylgruppen, dadurch wird die pisitive Ladung des Lys neutralisiert-> Genexpression, meist bei Euchromatin |
| Welche Enzyme sind an Acetylierung und Deacetylierung beteiligt | Histon-Acetyltransferasen (HAT) Histon-Deacetylasen (HDAC) |
| wie werden Histone Methyliert | an Lys (bis 3 Methylgruppen) und Arg(2 Met-Gruppen) von H3 und H4 |
| Enzyme bei Methylierung und Demethylierung | Histon-Methyltransferasen (HMT) Histon-Demethylasen (HDM) |
| Was bewirkt Methylierung von Histonen | Aktivierung oder Respression der Transkription.H3K4me-> Ativierung, aber H3K9me-> Repression abhängig davon welche Rest methyliert wird |
| Wie werden Histone Phosphoryliert, welche Auswirkung? | Histone-Phosphorylierung kann an Aminosäuren mit einer Hydroxygruppe stattfinden, also an Serinen, Threoninen und Tyrosinen Histon-Phosphorylierungen sind in ihrer Funktion ähnlich divers wie Histon-Methylierungen |
| Welche Enzyme sind an Phosphorylierung und Dephosphorylierung beteiligt | Kinasen (übertragen P an Hydroylgruppen) Phosphatasen spalten P wieder ab |
| Was sind Nucleosom-Remodelling-Komplexe(NRK) | sind Proteine,können die Nucleosomposition ändern, sind ATP abhängig,damit die RNA-Polymerase binden kann->Transkription |
| welche Arten von NRK gibt es, was machen sie | ISWI: Verschieben die Nucleusomen hin und her SWI/SNF: Entfernt Nucleosomen und baut sie woanders ein |
| DNA Methylierung, welche Basen werden methyliert (Pro- u Eukryoten) | Cytosin bei Eukaryoten Adenin nur bei Bakterien (selten bei Eukaryoten) |
| Wozu führt die DNA Methylierung | bei Eukaryoten; zur Stilllegung (silencing) Bei Prokaryoten Markierung der eigenen DNA |
| Wie machen die Methyltransferasen die Methylierung an DNA | MT klappt die Base Cytosin auf-> methyliert und klappt wieder zu (Am Helix) |
| wie wird DNA bei niederen Eukaryoten methyliert | wird nicht gemacht, DNA wird nur bei höhren Eukaryoten methyliert |
| Was sind CpG0-Inseln | CpG( Cytosin-phosphatidyl-Guanin)-Inseln sind Regionen im Genom von Eukaryoten mit statistisch erhöhter CpG-Dinukleotid-Dichte, sie werden methyliert |
| wo auf Chromosomen ist die Gendichte höher? | in Centromer wenier, da dort heterochromatin=Genarme Region. Mehr Gene in Telomere. endichte ist variabel in Genom und innerhalb eines Chromosoms |
| welche RNAs sind nicht poly- A? | Histon RNAs |
| wie wurde die Nuclesomstruktur exp ermittelt? | DNA wurde abgebaut durch bakterielle (Microcucs) DNase, zwieschen den Nucleosomen wurde sie vor Abbau geschutzt-> ca. 170bp nach Gel. |
| wie wurde Genomweite Kartierung der Nucleosomen-Lokalisation bei Hefe gemacht? | Hefechromosom isoliert-> DNA und Histone wurden fixiert-> Nuclease behandelt-> Aufreinigung mit Antikörper gegen H3 und H4 (Nucleosomen so entfernt)-> Fixierung zw DNA und Histone entfernt-> DNA Fragmente sequenziert. Nucleosomen sind nicht zufällig |
| wo sind kaum Nucleosomen vorhanden? | keine bei Promoter- und Terminationsbereiche, weil Promoter AT reich sind. wenn aber AA oder TT dann mehr Nucleosomen |
| Nomenklatur H3K4me? | H3= Histon Name H3 K= Lysin 4= Psition von Lysin an der 4te Stelle (Histonschwanz ende ist N, von da beginnend Aminos zählen) me= methyliert |
| warum sind im Zellkern mehr Proteine als DNA? | viel Regulation der DNA. Histonproteine, nicht Histonproteine, Nucleosom Remodelling Komplexe, Proteine die an acytyl. und Methyl. Histone binden. |
| über welche Zellen werden methylierungsmuster wann weitergegeben? | Methylierungsmuster wird in somatischen Zellen bei Teilung an Tochterzellen weitergegeben (die „5. Base“), während Replikation wird hemi-methylierte DNA vollständig methyliert |
| wenn DNA methyliert wird verbreitet sich das Muster weiter, Wie wird das verhindert, dass sich ungehindert Heterochromatin bildet? | Insolatoren= (Boundary Elemente):sind DNA bereiche=S/MARs,bilden Genzen (Knoten) zw Euchrom.Schleife und Hereochrom. Schleife,sie dienen auch der Verankerung an Kernmatrix und Kernmembran.trennen auch Enhancer voneinander.Transkription wird so beeinflusst |
| Wirkung von Insultoren kurz S/MARs | 1. Trennen Euchromatin von Heterochromatin 2. Verankerung an Kernmatrix und Kernmembran 3. Schotten Enhancer voneinander ab 4. Beeinflüssen massiv Transkription |
| Wie wirken S/MARS=Insulatoren=Bounary E? | Über die Struktur nicht über die Sequenz, sind richtungsabhängig |
| Lage der Chromsomen in Zellkern (Chromosomen Territorium) während der Interphase | relative Lage ist ziemlich festgelegt.Zellspezifisch |
Created by:
sh2013
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