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Microbiologie Env
Microbiologie Environnementale L3 SDV
| Question | Answer |
|---|---|
| Qu'est ce qu'un microorganisme? | A la base de toutes les chaines alimentaires, leurs fonctions principales sont de recycler la biomasse. Ils représentent 18 fois plus que la masse de l'humanité. Peuvent faire du mutualisme ou parasitismes |
| Qu'est ce qu'un isotope? | Quantifie la quantité d’isotypes. Si phénomène physicochimique : pas de différences entre les ratios de 12C (plus fréquent), 13C (plus lourds), 14C (radioactif). Si substrat biodégradé : fractionnement ectopique, son poids augmente et le produit diminue. |
| Qu'est ce que la redondance de fonction? | Plusieurs population ont la même fonction : plus de résistance, résilience et meilleure adaptation aux changements. |
| Qu'est que l'écologie? (Définition) | « L’écologie est la science qui étudie les conditions d’existence des êtres vivants et les interactions de toute nature qui existe, entre ces êtres vivants d’une part, entre ces êtres vivants et leur milieu d’autres part » Dajoz, 1975. |
| Quels sont les niveaux inférieurs d'organisation du vivant? | Niveau moléculaire = atomes qui constitue la biomasse Niveau des organites Niveau cellulaire = organismes |
| Quels sont les niveaux supérieurs d'organisation du vivant? | Organismes = notion d’espèce Population Communauté = biocénose Écosystème = biotope |
| Qu'est qu'une population ? (Définition) | « Ensemble d’organismes de la même espèce vivant dans une aire géographique donnée à un moment déterminé » |
| Qu'est ce qu'une communauté? (Définition) | « Ensemble des population partageant un même milieu » |
| Qu'est ce qu'un écosystème? (Définition) | « Ensemble constituant des communautés et de leur environnement » |
| Qu'est ce que l'autoécologie? | Interaction entre l’organisme et son biotope. 2 types : actions et réaction. |
| Qu'est ce que la synécologie? | Aspect du biotope et les interaction entre les différents individu de même espèce ou non. |
| Quels sont les domaines de l'écologie? | Les êtres vivants dans leur milieu (autoécologie) ; écologie des populations ; écologie des communautés (synécologie) ; dynamique des écosystèmes. |
| Qu'est ce qu'un facteur écologique? (Définition) | « Tout élément du milieu susceptible d’agir directement sur les êtres vivants durant tout ou partie de leur cycle de développement ». Schéma : Intervalle de croissance, tolérance et zones létales. |
| Qu'est ce qu'un facteur limitant? (Définition) | « Un facteur écologique joue un rôle de facteur limitant s’il est réduit au-dessous d’un minimum critique ou bien s’il excède le niveau maximum tolérable par vie d’espèce donnée ». |
| Qu'est ce qu'une valence écologique? (Définition) | « La possibilité d’une espèce à peupler des milieux différents (qui présentent des variations plus ou moins fortes des facteurs écologiques ». |
| Qu'est ce qu'une espèce sténoèce et euryèce? | Espèce sténoèce : ne supportent pas de variations de facteurs écologiques. Espèce euryèce : supportent une grande valence écologique. |
| Qu'est ce que la paléographie? | Des microorganismes présents depuis très longtemps sur terre |
| Quelles sont les différents termes définissant la croissance à différentes températures? | Psychrophiles (optimum à 4°C) Mésophiles (optimum à 39°C) Thermophiles (optimum à 60°C) Hyperthermophiles (optimum à 80°C et plus). |
| Quelles sont les différents termes définissant la croissance à différentes salinité? | Nonhalophile Halotolérant Halophile Extrême halophile |
| Qu'est qu'une espèce Eucaryote? (Définition) | Concept typologique : « qui se ressemble s’assemble ». Concept biologique : « les espèces sont des groupes de populations naturelles interfertiles qui sont du point de vue de la reproduction isolées des autres groupes de population » Ernst Mayr, 1942. |
| Qu'est qu'une espèce Procaryote? (Définition) | Une espèce est un ensemble de souches qui ont en commun de nbrses propriétés stables et qui diffèrent de façon significative des autres grp de souches. Les différentes espèces bac diffèrent par des carac phénotypiques, génétiques voir écologiques. |
| Qu'est ce qu'une souche? | Ensemble d'organismes (de cellules) descendant d'une seule cellule initiale. Si la réassociation ADN-ARN est sup à 70%, alors c’est la même espèce. Si la similarité de l’ARNr 16S est inf à 97% alors ce n’est pas la même espèce. |
| Qu'est qu'un OTU? | Signifie unité taxonomique opérationnelle. Quelque soit le niveau, ce terme est utilisé pour représenter n’importe quoi tant qu’il est défini. L’OTU est de plus en plus utilisé avec les techniques moléculaires d’analyse de la biodiversité. |
| Qu'est ce qu'un Organotrophe et ses accepteurs d'électrons? | Utilise source d'électron organique. Accepteur d'électron : O2 = aérobie, NO3- = dénitrifiante, Fe3+ = ferri-réductrices, SO42- = sulfato-réducteurs, CO32- = méthanogènes, pyruvate = fermentation (électron interne) |
| Qu'est qu'un phototrophe et quels sont les deux types? | Utilise une source d'énergie lumineuse. Anoxygénique = producteurs paraprimaires, photosynthèse et production de biomasse en utilisant des carbones organiques, chez les bactéries autotrophes. Oxygénique = producteurs primaires, fixation du CO2. |
| Qu'est ce qu'un lithotrophe? | Utilise une source d'électron minérale Source d’électron = minérale (NH4+, H2S, H2, Fe2+). Accepteur d’électron = O2, NO3-, SO42-, CO32-. |
| Etudes des organismes : Décrire l'échantillonnage | Prélèvements dans le sol (carottage) ou milieux aquatiques (bouteilles hydrologiques). Il est important d'adapter la taille et le nombre d'échantillon pour prendre en compte l'hétérogénéité spatiale |
| Etudes des organismes : Dans quelle circonstance utilise-t-on un microscope précis? | Structure des communautés (microscopie optique et électronique) Dénombrements de la communauté totale (fluorochromes) Dénombrements de communautés particulières (sondes spécifiques). |
| Etudes des organismes : Quels sont les trois termes définissant les changements de la lumière dans la microscopie photonique? | Réfraction/dispersion = changement de direction en changeant de milieu Diffraction = inflection des rayons aux angles Réflexion = rayons modifiés réfléchis par lentille, lumière parasité. |
| Etudes des organismes : Qu'est ce qu'un organisme Euglena? | Microorganisme eucaryote, photosynthétique et hétérotrophe en absence de lumière. |
| Etudes des organismes : Qu'est ce qu'un organisme Anabaena sp.? | Cyanobactérie filamenteuse ou unicellulaire. Filamenteuse : hétérocyste = lieu de la fixation d’azote par la nitrogénase, compartimentation spatiale. Unicellulaire : photosynthèse la journée et fixation de l’azote la nuit = séparation temporelle. |
| Etudes des organismes : Que permet d'observer un microscope de contraste de phase? | Permet d'observer les cellules vivantes, dans leur milieu sans préparation ni coloration. On peut visualiser quelques structure internes. On a alors un décalage des longueurs d’ondes. |
| Etudes des organismes : Décrire la microscopie à fluorescence. | Excitation des électrons avec UV. On a de la fluorescence naturelle, l’utilisation d’une substance fluorescence ou l'intégration d’un séquence codant pour une protéine naturellement fluorescente. |
| Etudes des organismes : Quels sont les différents fluorochromes utilisé en microscopie à fluorescence? | Rhodamine (rouge), Fluorescéine (vert), DAPI (bleu) |
| Etudes des organismes : Décrire la méthode live and death. | Dénombrement totalité microorganismes avec cellules vivantes (mb intègre) et cellules mortes (mb poreuses). Marquage par Syto 9 (tout) et PI (poreuses). Cellules mortes en orange et vivantes en verte |
| Etudes des organismes : Décrire la technique de FISH | Fixation des cellules, hybridation par sondes fluorescentes, lavage, filtration biomasse sur filtre noir, observation microscope. Information qualitative (% cellules hybridés) et quantitative (concentration, biomasse, biovolume). |
| Etudes des organismes : Qu'est ce que la cytométrie de flux? | Permet isoler microorganismes en milieu liquide en l'emprisonnant dans une goutte. Passage devant un laser. FSC (taille), SSC (forme), FLH (fluorescence). Obtient cytogramme. Séparation selon critère taxonomique, biologique, enzymatique. |
| Etudes des organismes : Quels sont les différents besoin des microorganismes? | Carbone (auto, hétéro), Energie (photo, chimio), Electron (litho, organo), H2O, Source N, Source P, Source S, Facteurs écologiques, Facteurs de croissance, Oligo-éléments minéraux, Macro-éléments minéraux, Accepteurs d'électrons (externe) |
| Etudes des organismes : Quels sont les deux types de formes que l'on peut retrouver? | Planctonique : dans le liquide. Sessile : non libre et donc absorbés sur surface (biofilm) ou en agrégat (solution homogène). |
| Etudes des organismes : Quels est la différence entre l'eau oligotrophe et l'eau eutrophe? | Eau oligotrophe : pauvre en éléments organiques Eau eutrophe : riche en matière organique. |
| Etudes des organismes : Quelle est la méthode utilisant des tests colorimétriques? | La galerie API qui permet l'dentification des bactéries par tests biologiques et qui met en évidence les caractéristiques métaboliques des organismes. |
| Etudes des organismes : Quels sont les différents gènes pour les MSR et archées méthanogènes? | Pour la sulfato-réduction, besoin de la bisulfite réductase, codée par le gène dsrAB¸ chez les sulfato-réducteurs. Pour la méthanogenèse, enzyme nécessaire codée par le gène mcr, chez les archées méthanogènes. |
| Etudes des organismes : Quels information apportent l'ADNr/ARNr et ADN/ARN codant une protéine? | ADNr/ARNr (16S, 23S, 18S) : information taxonomique ADN/ARN codant pour protéine : information groupe fonctionnel (ex : dsrAB, mcr) |
| Etudes des organismes : Décrire la méthode ARISA, méthode de fingerprint. | Amplification de l’ITS (= espace intergénique entre ADNr 16S et ADNr 23S), en fonction des populations région plus ou moins longue (plus ou moins de mutations) donc séparation en fonction de la taille |
| Etudes des organismes : Décrire la méthode DGGE et TGGE, méthode de fingerprint. | Amorce avec un GC clamp. On fait une dénaturation du brin d’ADN, migration sur gel avec gradient de dénaturation. Bande du gel = moment où la molécule s’est ouverte. Permet d’avoir une idée de la phylogénie. Cible = ADNr 16S. |
| Etudes des organismes : Décrire la méthode SSCP, méthode de fingerprint. | Cible = ADNr 16S. Fluorophore sur amorce. Dénaturation thermique puis mis dans glace = repliement monocaténaire. Electrophorèse et séparation selon la taille/configuration 3D. |
| Etudes des organismes : Décrire la méthode T-AFLP, méthode de fingerprint. | On s’intéresse aux fragments terminaux. PCR et digestion par enzymes de restriction (endonucléases). En fonction population, sites restrictions différents. On obtient un électrophorégramme. Echantillons peuvent être rassemblé en dendogramme. |
| Etudes des organismes : Décrire le séquençage Sanger | Une seule amorce. Ajout de dNTP et ddNTP (marqués avec fluorophore différent pour chaque nucléotides). Si accrochage d’un ddNTP, polymérisation s’arrête. Migration sur capillaire. Reconstitution séquence. |
| Etudes des organismes : Décrire le clonage séquençage | Extraction ADN (méthagénome). PCR ARN 16S, clone amplicon dans plasmide E.coli. Extrait ADN colonie, PCR, amplicon identique et séquencé avec bêta-galactosidase. Couverture de Good : (1-n/N) x 100. 0 = Bonne étude, 1 = étude mauvaise. |
| Etudes des organismes : Décrire le séquençage haut débit | Amplification de l’ADNr 16S. Fragments vont se fixer verticalement sur des microplaques. On a alors un flux de nucléotides marquées qui s’attache séquences qui libère lumière. Traitement par logiciel des photos. |
| Etudes des organismes : Décrire les puces à acides nucléiques | Besoin de connaitre les métabolismes ciblés. But = vérifier leur présence, basée sur l’hybridation des acides nucléiques. Sondes fixés sur la biopuce. Si gène présent, il s’hybride à la sonde. Intensité de la fluorescence peu ou très présent. |
| Etudes des organismes : Décrire le marquage isotopique | Si microorganisme utilise une substance avec 13C, l’ADN sera néosynthétisé avec du 13C et donc plus lourd. Ultracentrifugation et techniques de fingerprint ou séquençage pour voir les organismes qui dégradent la substance avec 13C. |
| Etudes des organismes : Que représente l'ADN et l'ARN? | L’ADN représente l'activité métabolique potentielle L’ARN, avec étape de rétrotranscription et l'ADNc, représente les gènes réellement actif. |
| Etudes des organismes : Décrire la méthode FISH-MAR | Utilise substrat peu radioactif. Permet de visualiser l'accumulation de produit radioactif et lien entre présence métabolique et cellule |
| Etudes des organismes : Décrire la méthode de nanoSIMS | Travail avec des isotopes stable. Peut être associé à d'autre expérimentation. Ratio isotope carbone et azote permet déterminer niveau chaine trophique de l'organisme. |
| Etudes des organismes : Comment détecter une caractéristique bactérienne? | Par les acides gras membranaire. Permet de savoir s'il s'agit d'un archée ou d'une bactérie Gram+ ou Gram -. |
| Etudes des organismes : Comment détecter des molécules particulières microbiennes? | Par des marqueurs tel que les pigments : chlorophylles, bactériophylles, caroténoïdes. La photosynthèse anoxygénique ou oxygénique. Les carbohydrates : acides téichoïques, Gram+/- |
| Etudes des organismes : Décrire l'activité nitrifiante | Nitrogénase fixe N2 : accès à tous les êtres vivants. Nitrosation et nitratation = nitrification. Inhibition : Nitrosation par l’ATU, nitratation par chlorate (ClO3). |
| Quels sont les 4 indices permettant la quantification de la diversité? | Indice de diversité spécifique ; Indice de Shannon (prend en compte les OTU faiblement représentés) ; Indice de Simpson ; Indice de Nei. |
| Quels sont les éléments nécessaires prédominant? | Carbone, Oxygène, Azote, Hydrogène, Phosphore et Soufre |
| Qu'est ce que la redondance fonctionnelle? | Stabilité des écosystèmes. On a donc beaucoup de gènes = réservoir de gènes. |
| Décrire la chaine alimentaire | Permet libération d’énergie sous forme de déchets décomposés par les microorganismes = les décomposeurs. Chaine trophique détritique : recyclage de la matière organique. Avec organismes pélagiques (souvent aérobie) et benthiques (souvent anaérobie). |
| Cycle biogéologique du carbone : Qu'est ce que le phénomène d'albédo? | Les surfaces blanches reflètent la lumière et la chaleur et la revoie dans l’espace. Les surfaces noirs absorbent la lumière et la chaleur. |
| Cycle biogéologique du carbone : Quels sont les caractéristiques? | Augmentation [CO2] atmosphère augmente température. Plus présent dans roches et sédiments Cycle : transformation des composés carbonés par oxydo-réduction Turn over (tmp résisdance), plus grand dans atmosphère |
| Cycle biogéologique du carbone : Quel est la conséquence de l'augmentation du CO2 atmosphérique sur les océans? | Les océans sont les principaux puits de CO2. Plus le CO2 atmosphérique augmente, plus la concentration CO2 augmente, plus le pH des océans diminue, plus la capacité d'absorber le CO2 diminue. |
| Cycle biogéologique du carbone : Quels sont les principales intéractions dans le cycle global? (CO2, CH2O, sol) | Le CO2 atmosphérique est fixé par photosynthèse Le CH2O est consommé par les hétérotrophes Au niveau du sol on retrouve de la fermentation |
| Cycle biogéologique du carbone : Quelle est la conséquence de l'enfoncement dans le sol? | La température augmente et la pression aussi. Cela transforme la matière organique végétale et charbon et la matière organique animale en pétrole |
| Cycle biogéologique du carbone : Quel est l'utilisation de l'hydrogène et du CO2? | Utilisé pour la méthanogenèse Le méthane est un gaz à effet de serre qui peut être consommé par les organismes méthanotrophes |
| Cycle biogéologique du carbone : Description global du cycle de l'eau | L'eau dans le sol alimente les nappe et les aquifères. La distribution des composés carbonés dépend du cycle hydrogéologique. |
| Cycle biogéologique du carbone : Définir les termes DBO et DCO | DBO : demande biologique d’O2. DCO : demande chimique d’O2. Eau transporte MO qui augmente la respiration des microorganismes aquatiques Eutrophisation = augmente de la DBO. Si DBO/DCO élevée = mort des organismes. |
| Cycle biogéologique du carbone : Description de l'exemple du Golf du Mexique. | Mangroves -> riche en poisson Région hypoxique = mort poisson et invertébré Région riche en hydrocarbure -> plateforme pétrolière |
| Cycle biogéologique du carbone : Quels sont les noms des molécules O2, CO2, CH2O et CH4? | CO2 : Dioxyde de carbone O2 : Dioxygène CH2O : Méthanal CH4 : Méthane |
| Quels sont les différents traitement des eaux usées et leurs descriptions? | Traitement préliminaire : filtre les débris solides T. primaire : filtre les fines particules bassin de sédimentation T. secondaire : microbes décomposent la MO (aéro/anaérobies), flocs de biofilm -> sédimentation T. tertiaire : processus chimique |
| Cycle biogéologique de l'azote : Qu'est sont les caractéristiques principales? | L'azote ne permet pas la vie. NH4+ et NO3- sont les seules formes assimilables par les bactéries et les archées. |
| Cycle biogéologique de l'azote : Quel procédé permet la fixation de l'azote atmosphérique? | Habert-Bosh. Permet de former de l'ammoniaque ou de l'ammonium. |
| Cycle biogéologique de l'azote : Quels sont les principales interactions dans le cycle global? | Nitrogénase fixe l'azote atmosphérique. Nitrification forme nitrite et nitrate de même pour dénitrification. Dénitrification non complète donne N2O (gaz effet de serre) qui modifie atmosphère et climat. |
| Cycle biogéologique de l'azote : Décrire la fixation de l'azote | Azote principale entrée dans biosphère catalysé par nitrogénase. N atmosphérique -> N réduit Dans l'eau les cyanobactéries fixe l'azote. Fixation ubiquiste (dans dif. ecosystème), couteux en énergie. |
| Cycle biogéologique de l'azote : Quels organismes permettent la réalisation des étapes de la Nitrification? | Nitrosation réalisé par Nitrosomonas 2NH4+ + 3O2 -> 2NO2- + 2H2O + 4H+ Nitratation réalisé par Nitrobacter ou Nitrospira 2NO2- + O2 -> 2NO3- |
| Cycle biogéologique de l'azote : Quels sont les étapes de la dénitrification et leurs localisations? | Nitrate réductase (nap6/napA) : NO3- -> NO2-, membrane interne. Nitrite réductase (nirK/nirS) : NO2- ->NO, périplasme. Oxyde nitrite réductase (cnorB) : NO -> N2O, membrane interne. Oxyde nitreux réductase (nosZ) : N2O ->N2, périplasme. |
| Cycle biogéologique de l'azote : Quel est la conséquence de la fertilisation? | Fertilisation (engrais) créé un excès de NO2- qui augmente la dénitrification. Cela libère N2O un gaz à effet de serre 300 fois plus que CO2 et 25 fois plus que le méthane. Il détruit donc l'ozone. |
| Cycle biogéologique de l'azote : Décrire la réduction du nitrate en ammonium. | NO3- et NO2- sont réduit par N2O. Certaines conditions favorisent la voie alternative = réduction dissimulatrice du nitrate en ammonium, par lithotrophie anaérobie ou hydrogénotrophie. Environnement anoxique riche en MO et H2, pauvre en azote réduit. |
| Cycle biogéologique de l'azote : Décrire l'oxydation anaérobie de l'ammonium (anammox) | Se fait par NO2-. Production de N2. Organite = anammoxosome. NH4+ donneur d’électron et NO2- accepteur d’électron. NH4+ + NO2- -> N2 + 2H2O |
| Cycle biogéologique de l'azote : Quels sont les noms des molécules NH4+, NO2-, NO3-, N2O, NO? | NH4+ : Ammonium NO2- : Nitrite NO3- : Nitrate N2O : Protoxyde d'azote NO : Oxyde nitrite |
| Cycle biogéologique du soufre : Quels sont les caractéristiques principales? | Soufre dans l'atmosphère sous forme de sulfite, sulfate, sulfure. Forme inorganique = minérale. A l'origine de la Terre = pyrite. Provient du dégazement de la croute terrestre et altération oxique. |
| Cycle biogéologique du soufre : Quels sont les deux types de sulfato-réduction? | Assimilatrice : animaux récupère le sulfate pour le soufre Dissimilatrice : respiration anaérobie et aérobie |
| Cycle biogéologique du soufre : D'où provient le sulfate? | Le sulfate provient de l'érosion des roches, de l'eau sous forme soluble ou de phénomène volcanique sous forme gazeux |
| Cycle biogéologique du soufre : Quels sont les principales interactions dans le cycle global? | MSR vit dans zones saumâtres et eaux salées. Aérosols sulfate et DMS forment des nuages qui font des pluies acides ou réfléchis les rayons solaire COS réfléchit les radiations solaires dans al stratosphère. Rôle contre le réchauffement climatique |
| Cycle biogéologique du soufre : Quels sont les impacts sur l'activité humaine? | Les sulfato-réducteurs dans environnement anoxique, riche en matière organique et sulfate produit du sulfure (toxique) et de la biomasse. Le sulfure en milieu acide fait de la corrosion un problème pour la tuyauterie. Pluie acide. |
| Cycle biogéologique du soufre : Quels sont les noms des molécules SO2, SO4, H2SO4? | SO2 : Dioxyde de soufre SO4 : Sulfate en aérosol H2SO4 : Aérosol d'acide sulfurique |
| Cycle biogéologique du soufre : Quels sont les noms des molécules de soufre organique H2S, HS-, S2-? | H2S : Sulfure d'hydrogène HS- : Hydrosulfure S2- : Sulfure |
| Cycle biogéologique du phosphore : Quels sont les caractéristiques principales? | Élément limitant en particulier dans les systèmes aquatiques. Disponibilité en phosphore lié à l'altération superficielle des roches. |
| Cycle biogéologique du phosphore : Quels sont les particularités? | Pas de composant gazeux significatif. Cycle non contrôlé par des bactéries. Faible partie accessible. |
| Cycle biogéologique du phosphore : Quels est l'impacts sur l'activité humaine | Mine pour fabriquer des fertilisant. En excès dans le sol drainé vers les systèmes aquatiques. Normalement limitant dans l'eau cela cause des problèmes d'eutrophisation |
| Le fer : Quels sont les caractéristiques principales? | 4ème élément le plus abondant, métal le plus abondant Plus souvent, forme insoluble = non disponible pour organismes vivants. Respiration : Fe3+ accepteur électron, Fe2+ donneur électron Peut seulement être réduit ou oxydé. Pas dégradé. |
| Le fer : Décrire la biolixivation. | Peut être utilisé pour récupérer du fer dans l'eau par exemple. |
| Le fer : Décrire les Terrils. | Les terrils sont des déchets des mines de cuivres qui empoisonne l'environnement. Il constitue une ressource avec Acidithibacillus ferroxydans qui recycle le fer. |
| Le manganèse : Quels sont les caractéristiques principales? | Plus souvent, forme insoluble, non disponible. Elément essentiel utilisé comme cofacteur de plusieurs systèmes enzymatiques. Si les microorganismes utilise le fer ils peuvent aussi utiliser le manganèse. |
| Les métaux toxiques : Nommer-les. | Le plomb = contamination ancienne -> canalisations. Le cadmium = peintures/batteries + étain (peinture bateaux) = contamination industrielles. Formes alkylées s’accumulent dans les graisses -> méthyl-mercure. |
| Les métaux toxiques : Qu'est que le saturnisme? | Le saturnisme est l'accumulation de plomb dans l'organisme qui abouti à une teinte bleu sur la peau |
| Le mercure : Quels sont les caractéristiques principales? | Pas d’utilité alimentaire ou énergétique. Ressource due volcanisme et combustion des énergies fossiles. |
| Le mercure : Quels sont des deux gènes impliqués et que font-ils? | Gène MerA transforme Hg2+ en Hg0 Gène MerB transforme CH3Hg+ en Hg2+ |
| Le mercure : Qu'est ce que la turbation? | C'est le fait que le mercure (Hg2+) dans les sédiments repartent dans l'eau |
| Le mercure : Qui s'assure de la transformation de Hg2+ en CH3Hg+? | Les bactéries sulfato-réductrice et les archées méthanogènes |
| Les interactions : Nommer-les | Neutralisme : 00 Amensalisme : 0- ou -0 Compétition : -- Parasitisme/prédation : +- ou -+ Commensalisme : +0 ou 0+ Mutualisme : ++ |
| Les interactions : Qu'est ce que l'amensalisme? (Définition) | « Une espèce amensale est inhibée (croissance, reproduction, autre) par une autre espèce » |
| Les interactions : Donner des exemples pour l'amensalisme. | Antibiotiques par les champignons. Acide par bactéries fermentaires. |
| Les interactions : Qu'est ce que la prédation? (Définition) | « Une espèce prédatrice attaque l’espèce proie pour s’en nourrir ». Base du transfert de matière, d’énergie, biomasse dans les écosystèmes. Distinction difficile entre parasite et prédation. |
| Les interactions : Donner des exemples pour la prédation. | Relation prédateurs proies : Protozoaires/bactéries (Legionella/amide) ; Bactéries/Champignons ; Champignons/Nématodes ; Bdellovibrio (bactérie)/autre bactérie. |
| Les interactions : Qu'est ce que la compétition? (Définition) | « Chaque espèce agit défavorablement sur l’autre, essentiellement dans le cadre de la recherche de nourriture ». Contrôle des population, séparation des population proches : exclusion de la niche écologique. |
| Les interactions : Quels sont les deux types de compétition? | Compétition intraspécifique : notion de charge biotique maximale, travaux de Gausse. Compétition interspécifique : 2 populations luttent contre la même ressource. Gausse = Cas de paramécies. |
| Les interaction : Qu'est ce qu'un tapis microbien | C'est un vrais biofilms. Moteur de développement = photosynthèse. Ubiquiste (partout). Groupe principaux : Cyanobactéries, Sulfo-oxydant aérobie (SOAC) et anaérobie (SOAP), Sulfato-réducteurs. Compétition chimio/photosynthétiques. |
| Les interactions : Qu'est ce que le parasitisme? (Définition) | « Une espèce parasite inhibe une autre espèce et en tire profit (en général elle en dépend) ». Distinction difficile entre parasites et prédation. Microorganismes, microorganismes animaux, microorganismes végétales. |
| Les interactions : Qu'est ce que le commensalisme? (Définition) | « Une espèce commensale tire profit de l’association tandis que l’espèce hôte semble n’en tirer aucun avantage ni profit ». |
| Les interactions : Donner des exemples pour le commensalisme. | Nitrobacter (nitrosation) et nitrosomonas (nitratation). Transport par une autre espèce = phorésie. Le co-metabolisme : organisme utilise substrat A et substrat B utilisé par un autre organisme. |
| Les interactions : Qu'est ce que la coopération et la syntrophie? (Définition) | « Deux espèces forment une association bénéfique mais non indispensable ». La syntrophie : les deux populations fournissent mutuellement des éléments nutritifs. |
| Les interactions : Donner des exemples pour la coopération. | Méthanogenèse élimine le H pour les bactéries fermentaires. Production de phytohormones = inoble-3-acétique. Impact positif sur les plantes : PGPR = Pseudomonas et Azospirillum. |
| Les interactions : Qu'est ce que le mutualisme? (Définition) | « Association bénéfique et indispensable ». |
| Les interactions : Quels sont les intérêts du mutualisme? | Protection, nouveaux habitats, identification/reconnaissance, nutrition. |
| Les interactions : Quels sont les transmissions du mutualisme? | Par contrôle de la division des symbiontes, transmission direct du partenaires, infection de l’œuf. Sinon, infection de A par B à chaque génération. |
| Les interactions : Qu'est ce que le lichens présent chez les mutualistes? | C'est un phycobionte = cyanobactérie/algue -> production primaire qui fournit la MO et O2. Un mycobionte = ascomycète -> colonisation, fournit la substance inorganique et capte l’eau. Considéré comme entité biodistincte. |
| Les interactions : Qu'est ce que le consortium photosynthétique présent chez les mutualistes? | Deux groupes procaryotiques = hétérotrophes (β-protéobactérie) + plusieurs photosynthétiques. Entités biologiques distinctes. Division synchrone des partenaires. Déplacement chaotiques, chimio/phototactisme. |
| Les interactions : Quels sont les autres associations que l'on peut retrouver dans le mutualisme? | Association des termites avec champignons, bactéries ou protozoaires. Sèche avec bactéries, bioluminescence de la sèche avec la luciférase. Invertébrés avec bactéries sulfo-oxydantes, structure = throphosome. |
| Le microbiote humain : Quels sont les caractéristiques? | Majorité : peau, tractus intestinal, cavité orale. 10 fois plus de bactéries que de cellules dans le corps. Permet la maturation de système immunitaire. Mise en place à 2 ans. Propre à chacun. |
| Le microbiote humain : Quels sont les deux phylum présent dans le tractus intestinal? | Bactéroïdetes et firmicutes. |
| Le microbiote humain : Décrire ce qui se passe dans le colon. | Il est colonisé en permanence avec : Flore dominante = anaérobie Flore sous-dominante = aéro/anaérobie facultative Flore de passage : circonstances pathologiques. |
| Le microbiote humain : Quels sont les deux conditions de microbiotes que l'on retrouve dans le tractus humain? | Microbiote équilibré = eubiose ou déséquilibré = dysbiose Dysbiose due à la générique de l’hôte, le style de vie, la colonisation précoce et la pratiques médicales. |
| Le microbiote humain : Comment est composé le tractus intestinal d'une personne obèse? | En majorité, une personne obèse possède des firmicutes. S'il la personne réalise un régime cela va augmenter la quantité de bactériodetes. |
| Le microbiote humain : Quel est la protéine chaperon d'E.coli dans le tractus humain? | La protéine chaperon est ClpB. Elle modifie la prise alimentaire. |
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Julie.Lam
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